En 2001, la GS500 perd son E. Pour sa 12ème année de commercialisation, la GS500 s'offre un lifting. Les principales modifications sont d'ordre esthétique. Elle emprunte son feu arrière à la Honda Hornet, la selle est redessinée ainsi que les flancs de carénage. Les arêtes du réservoir sont adoucis et celui ci gagne 3L ( 20 L ). Les demi guidons sont abandonnés au profit d'un guidon plus haut et plus large, pour plus de maniabilité ( n'en déplaise aux sportifs ). Apparition de protèges joints spy de fourche. Les jantes deviennent gris clair. Le moteur est toujours identique, ainsi que la partie cycle. En 2002 les jantes deviennent noir. En 2004, malgré les nouvelles normes anti pollution et la disparition de dizaines de modèles de moto, la GS500 reste au catalogue en Europe. Elle gagne un carénage et devient la GS500F. En plus de cela, elle gagne aussi un radiateur d'huile. Enfin, cette dernière est fabriquée à présent en Espagne. Les étriers de frein sont maintenant des APracing, marque espagnol. A noter que la GS500 version roadster est toujours disponible.