La Fazer 600 est revue en profondeur pour 2004 et change de nom: FZ6. Maintenant disponible en 2 finitions; la version "S" est baptisé FZ6 Fazer et utilise une tête de fourche, alors que la version Naked ou "N" opte pour un style différent typé purement Roadster. Elle hérite du moteur de la R6 dégonflé pour revendiquer 98 chevaux. Le cadre n'est plus un double berceau, mais un cadre périmétrique en aluminium. Le millésime 2007 est remanié. La puissance est ramenée à 78 chevaux. Parallèlement, Yamaha propose une version plus sportive de 98 chevaux, appelée S2. Le bras oscillant est remplacé par un élément hexagonal en aluminium et la cartographie d'injection est étudiée pour offrir plus de couple à mi-régime. Le carénage tête de fourche de la Fazer est redessiné, ainsi que la selle. De plus, ce modèle intègre l'instrumentation de la FZ1. L'acheteur a donc le choix entre quatre modèles différents : la FZ6, la FZ6 Fazer, la FZ6 S2 et la FZ6 Fazer S2. A vous de choisir qu'elle sera votre monture préférée!